Mục tiêu của HVPGVN tại TP.HCM là nhằm đào tạo một thế hệ công dân đức trí song toàn để kế thừa, phát triển đạo Phật và con đường giáo dục Phật giáo. HVPGVN tại TP.HCM nỗ lực xây dựng môi trường giáo dục Phật học tiên tiến và nhiều ngành học khác, góp sức thực hiện mục tiêu nâng cao dân trí, đào tạo nhân lực, bồi dưỡng nhân tài, gắn kết việc ứng dụng lời Phật dạy vào cuộc sống, giải quyết các vấn nạn khổ đau của con người.
HVPGVN tại TP.HCM cổ vũ, khuyến khích và chăm lo đào tạo đội ngũ giảng viên nâng cao trình độ chuyên môn, đạo đức, phẩm chất và nhân cách, góp phần vào sự nghiệp đào tạo nguồn nhân lực phục vụ đất nước nói chung và sự nghiệp phát triển Giáo hội Phật giáo Việt Nam nói riêng.
Nhiệm vụ chính của HVPGVN tại TP.HCM tập trung vào bốn lãnh vực là giảng dạy (teaching), nghiên cứu khoa học (scholarly research), truyền thông học thuật (academic communication) và thực hành (practice). Thông qua chương trình của các khoá học, HVPGVN tại TP.HCM đào tạo từ căn bản đến chuyên sâu các nguyên lý triết học và ứng dụng hành trì của Phật giáo, thông qua các truyền thống Nam tông với văn hệ Pali, Bắc tông với văn hệ Sanskrit, Tây Tạng ngữ và Hán ngữ.
HVPGVN tại TP.HCM chú trọng sự thực tập tâm linh song song với nghiên cứu học thuật, thực hiện các nhiệm vụ về giáo dục và đào tạo nhằm phục vụ các vấn đề thực tiễn của Giáo hội Phật giáo Việt Nam và đất nước. Qua đó, gắn kết chặt chẽ HVPGVN tại TP.HCM với xã hội, với quá trình phát triển kinh tế, xã hội theo các chủ trương đổi mới của đất nước.